L'APapp a obtenu en 2015 un financement du Fonds Social Européen (FSE) pour mener des travaux d'observation et de modélisation de la démarche APP, avec une grille de lecture fondée sur les compétences clés européennes (CCE). Il s'agissait alors d'appréhender plus précisément les conséquences de l'autoformation accompagnée sur les personnes apprenantes tout en répondant à la recommandation européenne du 18 décembre 2006 :
« Les huit compétences clés européennes sont nécessaires à tout individu pour l'épanouissement et le développement personnels, la citoyenneté active, l'intégration sociale et l'emploi. Elles sont considérées comme étant aussi importantes les unes que les autres, dans la mesure ou chacune d'entre elles peut contribuer à la réussite de l'individu vivant dans une société de la connaissance ».
Ces travaux de recherche ont permi de confirmer l'hypothèse selon laquelle la démarche APP permet à chaque apprenant de déployer, en plus des connaissances ciblées dans le cadre de son projet, les compétences clés européennes et des compétences dites transversales, tout au long de son parcours de formation.
Après avoir modélisé ce processus de mobilisation des compétences clés et transversales en APP, l'APapp a proposé au réseau une grande campagne de professionnalisation pour permettre à chaque apprenant d'identifier, valider et valoriser ces acquis. Début 2019, le projet Apprenant Agile a pris le relais du projet CCE.